勞保費之繳納管道，除了可持繳款單至金融機構、超商繳費及利用網路繳費外，投保單位還可以選擇向金融機構申請轉帳代繳服務。
勞保局表示目前配合勞保費轉帳代繳之金融機構共計31家，幾乎涵蓋所有公營及民營金融機構，只要申辦一次，即可享有每月自動繳費之免費服務，可減少臨櫃繳納需攜帶現金的不便，更可減省交通往返、排隊等候的時間，並避免逾期或遺漏繳費而被加徵滯納金。
辦理勞保費委託轉帳代繳手續，只要在勞保費繳款單背面上所列之金融機構或郵局設有存款帳戶(不含農漁會)，即可攜帶開戶印鑑及繳款單或收據影本，至原開戶之金融機構或郵局填寫「轉帳代繳約定書」辦理申請手續；轉帳申辦成功後，勞保局會另寄發通知，告訴投保單位開始轉帳扣繳之月份，繳款單上亦會列印「貴單位為轉帳代繳戶，請勿再持單繳納」字樣，轉帳扣繳成功後，會另寄收據至投保單位，做為作帳報稅憑證；如為勞保局網路申辦單位，繳費證明可自行至勞保局e化服務系統下載。
委託金融機構轉帳代繳保險費是既省時又便利的方式，勞保局竭誠邀請投保單位多加利用，如果對轉帳代繳還有疑問時，也可以直接打電話到勞保局諮詢（服務專線：02-23961266轉分機3302）。