依農保條例施行細則第27條規定，各級政府應補助之保險費，由保險人按月開具繳款單，於次月底前送請各該政府撥付。又99年1月27日總統公布農民健康保險條例修正條文，針對各級政府應負擔保險費補助款部分增訂第15-1條，明定各級政府補助款繳納期限與被保險人繳納期限相同，未依規定撥付者得寬限30日；屆寬限期仍未撥付者，自寬限期滿之翌日起至完納前一日止，每逾一日依郵政儲金一年期定期存款利率按日計算利息，一併計收。保險人得報請中央主管機關轉請行政院，自各該機關之補助款中扣減抵充，保險人並得依法移送強制執行。99年1月份各級政府應負擔保險費補助款應於2月底前繳納，寬限期限至3月30日止，逾期者本局將依法計息併收。各級政府於本局寄發繳款單之次月10日前如仍未收到繳款單，請通知本局補寄，並於寬限期限內繳納。