依據行政院農業委員會98年11月6日農輔字第0980152352號函釋、98年12月23日農輔字第0980051482號函釋及99年1月4日農輔字第0980051519號函釋規定，河川公地使用許可證之核發，乃係行政機關基於職權所為之公法上單方行為，與雙方立於平等私法上租賃行為不同。農會會員自98年11月6日起、非農會會員自99年1月4日起不得持河川公地種植使用許可書以佃農身分參加農保；非以自有農地申請加入農會會員或以非農會會員身分參加農保者，仍需符合「基層農會會員資格審查及認定辦法」、「從事農業工作農民申請參加農民健康保險認定標準及資格審查辦法」規定，持有符合規定之農地租賃契約始得加入農會會員或以非會員佃農身分參加農保。
至於原持河川公地種植使用許可書加入農會會員或以非農會會員身分參加農保者，基於信賴保護原則，仍得繼續保有會員或非會員農保資格至河川公地種植使用許可書使用期限截止日，倘彼等依法繼續取得河川公地種植使用許可書，且合法實際從事農業生產者，於使用期限內，其會員或非會員農保資格仍續予保障。