農保被保險人若有以下情形，投保單位應依規定辦理退保：
- 一、被保險人戶籍遷離原農會組織區域，不得在原戶籍所在地之農會參加農保。
- 二、被保險人死亡，當然喪失其被保險人資格。
- 三、被保險人喪失「從事農業工作農民申請參加農民健康保險認定標準及資格審查辦法」第2條所定之資格條件。
- 四、參加其他社會保險：
- （一） 被保險人於加保期間參加軍人保險、公教人員保險、勞工保險或就業保險，農保應即退保。
- （二） 例外規定：
- 僅再參加勞工職業災害保險，且符合每年國內居留時間合計達90日以上並實際從事農業工作、無農業以外專任職業等相關加保資格條件，則農保資格不受影響。
- 農暇之餘重複參加勞工保險，且重複加保期間每年（1月至12月）累計不超過180日，農保資格不受影響；若當年度重複參加勞工保險累計逾180日，農保自第181日起取消資格。
- 被保險人因天災致農地流失埋沒（如921震災）無可從事農業工作之事實，而參加政府基於公法救助或促進就業目的所辦理之短期就業措施或職業訓練期間再參加勞工保險者，不受勞農重複加保不得超過180日之限制。
- 被保險人持以加保之農業用地位於中央主管機關公告之嚴重天然災害區域內，且農業用地上有屬於公告適用之長期作物或農業設施因嚴重天然災害受損，於復耕、復建期間再參加勞工保險，可出具已領取農業天然災害現金救助之證明文件，向投保農會提出申請，並經審查通過，即可自公告起始日起2年內，不受每年勞農重複加保不得超過180日之限制。
- 五、領取其他社會保險老年給付：
被保險人領取公教人員保險養老給付、軍人保險退伍給付、勞工保險老年給付或國民年金保險老年年金給付，農保應自領取日退保。