為便利被保險人列舉申報綜合所得稅，被保險人可以利用自然人憑證經網際網路透過勞保局全球資訊網、財政部財稅資料中心查詢列印農保繳費證明，或親自向稽徵機關申請查詢。
查詢方式如下：
一、被保險人有自然人憑證者：
（一）透過網際網路至勞保局全球資訊網\便民服務\被保險人繳(計)費證明\農民健康保險繳(計)費證明，使用自然人憑證登入本局ｅ化服務系統個人網路申報及查詢作業，查詢列印個人繳費證明。
（二）可透過網際網路向財政部財稅資料中心查詢。
二、無自然人憑證者，可親向稽徵機關（各地區國稅局或其所屬分局、稽徵所、服務處）申請查詢或委託他人代為查詢。
被保險人透過上開方式查詢之農保費繳費證明資料，僅為申報綜合所得稅時之參考，若申報扣除金額與查詢金額不符者，則應自行檢附農會開具之繳費單據或繳納證明書正本申報。