一、暫行試辦時期（民國74年至78年）
為增進農民福利並維護農民健康，行政院指示參照開辦勞工保險前例，以行政命令訂頒「台灣省農民健康保險暫行試辦要點」，自民國（以下同）74年10月25日起試辦農民健康保險。由台灣省政府選定組織健全、財務結構良好、人員配置適當及其轄區醫療資源充足之基層農會為投保單位。第一期試辦期間（74年10月25日至76年10月24日），被保險人以依農會法第12條規定入會之會員為限，不包括贊助會員，且初次投保無最高年齡限制。此時期衡酌農民負擔能力，保險費率從低訂定為月投保金額之5.8%。保險費由政府負擔50%、被保險人負擔40%、投保農會負擔10%。保險給付項目為疾病、傷害、生育及喪葬補助費；其中疾病與傷害包括門診與住院之醫療給付，生育給付按月投保金額給予2個月現金給付，喪葬補助則按月投保金額給付5個月。因試辦成效良好且廣受歡迎，未參加試辦地區咸盼早日實施，經行政院核定自76年10月25日起實施第2期試辦，擴大投保地區。此階段規定初次投保農民之年齡不得超過70歲，但原已加保者不在此限。台北巿、高雄巿及福建省金門縣、連江縣等地區，亦奉行政院於76年10月25日核准，比照台灣省第2期試辦農民健康保險暫行要點之規定參加試辦。為貫徹照顧農民之政策目標，台灣省政府報奉行政院核准，自77年10月25日起全面試辦農民健康保險，並取消初次投保不得超過70歲之限制。第2期試辦及全面試辦期間（76年10月25日至78年6月30日），保險費率調整為6.5%至8.5%，核定實施之保險費率訂為6.8%。
二、正式立法與制度建立（民國78年至99年）
鑒於農民健康保險涉及農民權利與義務，亟宜立法以落實制度，中央遂制定「農民健康保險條例」，於78年7月1日開始施行。為普及保險範圍，除農會法第12條所定之農會會員外，將年滿15歲以上從事農業工作之農民，區分為自耕農、佃農、雇農及自耕農與佃農之配偶等4種身分，納入投保對象。本條例核定實施之月投保金額為10,200元，保險費率訂為月投保金額之6%至8%，核定實施為6.8%。保險費分擔比例調整為政府補助70%、被保險人負擔30%。精省後，政府補助之保險費改為在直轄市，由中央主管機關負擔40%、直轄市負擔30%；在縣（市），由中央主管機關負擔60%、縣（市）負擔10%。正式立法後，保險事故區分為傷害、疾病、生育、殘廢及死亡5種，分別給與醫療給付與現金給付。現金給付部分較試辦期間增列「殘廢給付」項目（後於99年1月29日更名為身心障礙給付），且喪葬津貼由5個月提高為15個月。84年3月1日全民健康保險開辦，農保之醫療給付移撥「中央健康保險局」辦理，農保保險費率因之調整為2.55%。97年10月1日國民年金保險開辦，為使同時符合國民年金保險加保資格之農保被保險人得選擇參加國民年金保險，於97年11月26日修正公布農民健康保險條例第6條第1項但書。另為回應部分農民於農暇之餘從事非農業勞務工作以補貼家用之實務需求，同時新增農保被保險人於農暇之餘再參加勞保且符合「農暇之餘從事非農業勞務工作認定標準」者，得繼續參加農保之規定。
三、給付標準與資格適用完備期（民國99年至110年）
農民健康保險殘廢給付標準表原以法律附表定之，為避免修法程序冗長影響被保險人權益，並使身心障礙給付認定標準更合時宜，農民健康保險條例於99年1月27日修正，明文授權中央主管機關另行訂定身心障礙給付標準表，並同時刪除「須治療滿1年方得申請給付」之規定。內政部據此參酌修正前之殘廢給付標準表、勞工保險失能給付標準、公教人員保險殘廢給付標準表及行政院衛生署公告之身心障礙等級等規定，訂定「農民健康保險身心障礙給付標準」，並會銜行政院衛生署於100年8月1日發布，自101年1月29日起施行。102年1月30日修正公布農民健康保險條例，增訂以農會會員或非農會會員資格參加農保者，均須符合「未領取相關社會保險老年給付」之條件，以避免重複享有社會保險資源之現象。104年12月30日修正公布本條例第5條，為落實農保為農業職域性社會保險之本質，避免被保險人因加保身分差異（農會會員、非農會會員）導致資格條件及審查程序不同引發爭議，授權中央農業主管機關會同中央主管機關修訂從事農業工作農民申請參加農民健康保險認定標準及資格審查辦法，使兩者一體適用同一審查辦法。
四、權益優化與提升給付保障（民國110年迄今）
110年12月22日修正公布農民健康保險條例多項條文。首先，增訂第5條之1，放寬50歲以下已領取軍保退伍給付、惟未領取陸海空軍軍官士官服役條例第23條第1項第2款退休俸或退伍金之退伍軍人，實際從事農業工作得申請參加農保，以鼓勵服短役期之退伍青年投入農業生產。其次，增訂第7條第4款，規定加保之自有農地因被徵收或協議價購致未能繼續實際從事農業工作者得續保一定期間，若年滿65歲且加保年資累計達15年者，不受續保期間限制。同時，修正第22條至第25條，將保險給付請求權時效由2年修正為5年，並刪除分娩或早產者請領生育給付之參加保險天數限制，以及刪除流產者得申請生育給付等規定。111年11月24日，為強化被保險人權益、落實性別平權以符合《消除對婦女一切形式歧視公約施行法》規定，並配合醫療技術發展，修正「農民健康保險身心障礙給付標準」第7條及第3條附表，刪除女性被保險人請領生殖器障礙之年齡限制，並會銜衛生福利部發布施行，自111年11月26日生效。112年2月8日修正公布農民健康保險條例，將農民健康保險之月投保金額由10,200元調整為20,400元，生育給付由2個月提高為3個月，相關保險給付金額（除身心障礙給付外），均隨月投保金額調整倍數調高，強化被保險人權益保障。